「福音のアパスル」では、現実世界同様月日の進行によって物語が進み、プレイヤーは主人公「八神零（変更可）」を操作し、カナン島を中心に物語を進めて行く事となります。

日常のイベントでは、町中でのモブキャラとの会話はもちろん、サブキャラクターとのイベント、そして様々な依頼※を受けたりする事になります。

※カナン島では悩める人々が沢山います。
トラブルバスターとして、その悩みを解決しましょう。

日常イベント内で、マップ上のメインキャラクターに話しかける事で「個別イベント」が開始されます。

個別イベントでは、メインキャラクターの個人的な話が進みます。
自身の過去やこれからの未来を話したり、主人公との恋愛……そして……ムフフな事も♥

個別イベントを進める為には好感度上昇が必須！、メインキャラクターの好感度を上げる為の選択肢があったり、お花屋さん等で購入した綺麗な花をプレゼントする事で好感度を上げる事が出来ます。

主人公達アパスルの使命はメギド（ダンジョン）を攻略し、中にいるマグナを駆逐する事。

日常イベントや個別イベントが終わり、物語が進むとメギド攻略のパートになります。

メギド内には様々な罠や仕掛け、そして強敵が待ち構えています。
イルミナを装備し、特殊能力「ADAM」を駆使しマグナを駆逐しよう。